La idea de construir una capilla en Pejerrey se comienza a gestar a principios de 1900, cuando los humildes habitantes de estos valles cordilleranos debían realizar sacrificados viajes hasta Linares en tiempos de Semana Santa (esperas de hasta tres días en el templo de la ciudad para poder confesarse, luego de un viaje de cinco horas a caballo o un día y medio en carreta). De este modo, comienzan a traer misioneros a la zona, para lo cual se puso a disposición la casa de don Carmen Guerrero y su campo para la estadía de los feligreses. Don Manuel Riquelme en tanto, se encargaba del transporte de los misioneros desde Linares, del pago de sus servicios y de su sustento por los nueve nueve días que duraba esta misión y que acogía a más de trescientos católicos que provenían de los más diversos parajes cordilleranos. Iniciándose así la hermosa tradición de las “Misiones” que se realizaban entre navidad y año nuevo.
En años posteriores comienzan a venir a Pejerrey sacerdotes del Corazón de María, los cuales al percatarse de las frágiles condiciones de las y los feligreses, quienes no tenían donde guarecerse de la lluvia y las dificultades que tenían que atravesar por las distancias, pensaron que lo mejor era construir una capilla grande con amplios corredores para acoger a los fieles.
En 1917, don Carmen Guerrero vendió al Obispado de Linares una propiedad de media cuadra para construir la capilla, enseguida los sacerdotes misioneros comenzaron a reunir los primeros fondos para su edificación. Gran parte de la comunidad aportó, donando dinero o especies como adobes, vigas, tejas, etc. De este modo, los padres misioneros rayaron los cimientos de la capilla: 25 metros de largo por 10 metros de ancho, con amplios corredores, y al finalizar las misiones de 1922 el 30 de diciembre, se puso la primera piedra.
Sin embargo, en un hecho curioso, el cura párroco de la Catedral de Linares al conocer los prodigios que estaban haciendo los misioneros en Pejerrey, fue donde el superior del Corazón de María y argumentando que sin permiso del episcopado no se podían ejercer estos ministerios, por lo que esos derechos le pertenecían a la parroquia de Linares. De este modo el padre José Estebannel Mas, quien había sido el sacerdote que colocó la primera piedra, reunió a los padres de familia de la comunidad de Pejerrey y les explicó lo sucedido, comunicando que todas las donaciones y demás obligaciones ahora estarían a cargo del Señor Cura Párroco, siendo él quien continuaría el trabajo. Agradeciendo la generosidad y confianza para con los misioneros del Corazón de María, e informando que todo el dinero y otros aportes conseguidos para la construcción quedaban en posesión de don Pablo Guerrero, se despidió de Pejerrey.
A partir de ese momento, las obras de construcción de la capilla pasaron a ser supervisadas por el Cura Párroco don Roberto José Rodríguez, quien luego de un tiempo convocó a la comunidad de Pejerrey para colocar la primera piedra de la capilla (que en realidad era la segunda), trayendo al arquitecto don Francisco Martínez, quien había construido la iglesia María Auxiliadora de Linares. Luego de algunas penurias por la falta de recursos para proseguir con la construcción y gracias a la generosa ayuda de la familia Guzmán, se terminó de construir en 1924 la capilla de Pejerrey.
Los sacerdotes Salesianos se hicieron cargo oficialmente de la capilla de Pejerrey el día 18 de enero de 1925, siendo el primer Cura Párroco Don Juan Crisóstomo Gavirati. Al tiempo que la congregación Salesiana asume la tarea con cariño y sacrificio, se da cuenta que una misión al año era insuficiente para cubrir las necesidades espirituales de los fieles, por lo que establecieron la realización de una misa el segundo domingo de cada mes.